１９９０年が明け、３歳になったアイネスフウジンの初戦は２月の共同通信杯４歳Ｓ（現共同通信杯）となった。東京競馬場の芝１８００㍍を鮮やかに逃げ切り、未勝利戦から３連勝を飾った。また東京競馬場では２戦２勝となった。

　続く弥生賞（現弥生賞ディープインパクト記念）は１番人気に支持されたが、あいにくの道悪になった。中野騎手は少しでも馬場状態のいい場所を走らせようと距離のロスを覚悟の上で内めを避けた。けれどもラスト１ハロンが13秒９もかかるような不良馬場は大跳びでスピードのあるアイネスフウジンには悪すぎた。４着。生涯で最悪の着順を記録してしまった。

　弥生賞は敗因がはっきりしていたので陣営に落胆はなかった。４月15日、第50回皐月賞も弥生賞に続いて１番人気になった。

　１枠２番の絶好枠。しかし、これがあだになった。スタート直後、隣の３番枠にいたホワイトストーンが内側に切れ込み、１番枠のワイルドファイアーとの間に挟まれる形になった。スタートダッシュに失敗。１コーナーでなんとか２番手を確保したが、予想外の展開になった。アイネスフウジンの良さはハイペースを長い間持続できることだ。朝日杯で見せたレースが理想の形だ。皐月賞で逃げたフタバアサカゼのペースはあまりに遅すぎた。ハイペースで先行できるアイネスフウジンだが、スローペースだからといってゴール前で鋭い末脚を繰り出すタイプでもない。皐月賞はアイネスフウジンには不向きなレースだった。

　３コーナーすぎで先頭に立ち、懸命に逃げ込みをはかったが、満を持してスパートしたハクタイセイにかわされ、クビ差の２着。スタート直後の不利が最後の最後に響いた悔しい惜敗だった。