７月29日、キスカ島から日本軍が撤退。８月から９月にかけて、上野動物園では都長官の命令で、クマやライオン、ヒョウ、ゾウなど、空襲を受けたときに危険とされる動物が殺処分された。

　そうした状況下で、前田とクリフジは京都競馬場に滞在する。彼らが参戦したのは阪神競馬の秋季開催だった。が、阪神競馬場は海軍に引きわたされていたため、この開催は京都競馬場で行われた。

　前田が付きっ切りで調教したクリフジは、９月25日、対古馬初戦となった古呼馬を３馬身差で完勝。次走、10月３日、京都芝２４００㍍で行われたオークス（当時は阪神優駿牝馬）では、２着に10馬身差をつけて逃げ切った。

　クリフジは、つづく２戦の古呼馬も10馬身差で圧勝し、11月14日、京都芝３０００㍍の菊花賞（当時は京都農商省賞典４歳呼馬）に臨んだ。道中は３番手につけて３コーナーから進出。ラスト６００㍍地点で先頭に立ち、２着に大差をつけて優勝。史上初の「変則三冠馬」となった。

　太平洋戦争の戦況はさらに悪化し、秋季中山開催終了後の12月17日、東条英機内閣はついに競馬開催の一時停止を閣議決定した。

　かくして翌１９４４年、東京競馬場および修錬場（のちの馬事公苑）と京都競馬場で、観客もなく、馬券も売られない春秋２回の能力検定競走が行われることになった。

　クリフジは春季東京能力検定競走で３戦する。年明け初戦は４月23日の呼馬駈歩５歳第二級。ここを５馬身差で勝つ。翌週、４月30日の呼馬駈歩５歳第一級を10馬身差、５月７日の横浜記念を６馬身差で圧勝。通算成績を11戦11勝とした。11戦すべてが力の違いを見せつけての完勝だった。最強の女傑として、その名を競馬史に刻みつけた。

　横浜記念を勝ったあと、５月28日に京都競馬場で行われる天皇賞（当時は帝室御賞典）に出走する予定だったのだが、汽車輸送の途中で風邪をひき、現地到着後に発熱。不出走に終わり、結局、横浜記念が引退レースとなった。

　クリフジは、買い戻し条件がついていたため、引退後、故郷の下総御料牧場に帰った。名前が「年藤」に戻り、１９４５（昭和20）年４月、小岩井農場でシアンモアを配合したあと、戦火を逃れて北海道の日高種畜牧場に移動。戦後の１９４９年７月、下総御料牧場に戻ってきた。繁殖牝馬として、クモハタ記念を勝ったイチジヨウ、１９５４年の桜花賞とオークスを勝ったヤマイチ、金杯を勝ち、天皇賞で２着になったホマレモンなどの重賞勝ち馬を送り出した。イチジヨウの仔で、クリフジの孫にあたるシモフサホマレは、１９６４年の安田記念を勝っている。

　１９５９年、千葉県香取郡小見川町の菅谷長太郎に11万１０００円という安値で買い受けられ、最後の産駒スガヤホマレを産み、１９６４年、旧25歳で生涯を終えた。

　その血は今もつながれている。１９９４年のきさらぎ賞を勝ったサムソンビッグ、２００８年春に岩手三冠競走の阿久利黒賞を勝ったリュウノツバサ、２０１１年の兵庫ダービーを無敗で制したオオエライジン、その妹で、同年のＮＡＲ（地方競馬全国協会）グランプリ２歳最優秀牝馬となったエンジェルツイートもクリフジの血を引いている。